La historia de Negrete comienza el momento mismo en que los españoles conquistan lo que hoy es actualmente el territorio chileno. Siendo el río Bío Bío el límite natural entre el español conquistador al norte y el pueblo araucano al sur hasta el Toltén.
El capitán español don Juan de Negrete, comisionado por don Pedro de Valdivia de explorar la ribera del río hacia el Este en busca de un paso, descubre un vado que permite el tránsito de carretas y caballares, fundándose en las cercanías el fuerte de Negrete en 1613.
La interminable guerra de Arauco hizo de Negrete un importante lugar de encuentro entre las autoridades españolas y los araucanos. Fueron los llamados Parlamentos que se realizaron en los llanos de Negrete.
Cabe indicar que según los historiadores, se realizaron cinco Parlamentos, en los años 1641, 1727, 1774, 1793 y 1803. Negrete, por tanto, se había convertido en un importante villorrio, principalmente por su vado, posibilitando el intercambio comercial de productos agrícolas y trueques ganaderos.

El 20 de febrero de 1835 un gran terremoto en la zona destruyó completamente la villa y otros pueblos de la región. Como consecuencia se reconstruyó la Villa de Negrete pero en la ribera sur del Río Bío Bío, (Según los historiadores la Villa Negrete estuvo ubicada en la ribera norte del río)